Hikayemiz, Yugi Muto efsanesinin devamıyla başlıyor. Hikayemizin başlangıc yeri, Domino Şehri. Uzun uzun yıllar sonucunda Domino Şehri oldukça gelişmiş, ve yüksek teknolojiyi en iyi kullanan şehirlerden birisi haline gelmiştir. Adı, Neo Domino City olarak değiştirilmiştir. Düello sistemleri oldukça değişmiş, ''Riding Duel'' dediğimiz olay ortaya çıkmıştır. Riding Duel, ''D-Wheel'' adı verilen, düello diski ve hız motorsikleti karışımı bir çeşit araç sayesinde yapılan, hızlı ve daha estetik düellolardır. Karakterler ''Master Rule'' adı verilen, eski, ''New Expert Rule'' kurallarının, oyunun değişimi için biraz geliştirilmiş şeklinde düello yapmaktadırlar.
Karakterler:Adı(J) : Yusei Fudou
D-Wheel: Red D-Wheel
Yaş: 18
Deste: Synchro-nic Rev.
Anahtar Kart: Stardust Dragon
Serimizin ana karakteri. Jaden'a tam ters bir kişiliği var diyebiliriz, kendisi, tarzı ve karakteri ile Atem'e benzeşiyor. Oldukça zeki bir düellocu, düellolarında en çok kullandığı şeyde zekası, rakibini, düşünerek yenmeye çalışıyor. Hikaye, daha çok onun hayatı ve yaşamı üzerine kurulu.
Adı(J) : Jack Atlas
D-Wheel: Kesin değil (Muhtemelen Blue D-Wheel)
Yaş: Bilinmiyor
Deste: Bilinmiyor
Anahtar Kart: Red Daemon's Dragon
Yusei'nin baş düşmanı, Atlas. Kendisi, Neo Domino City'nin Riding Duel'ların yöneticisi. Yusei'nin bir tehlike olduğunun tamamen farkında. Yusei gibi, zekasıyla oynuyor.
Adı(J) : Aki Izayoi
D-Wheel: Bilinmiyor
Yaş: Kesin değil (17 yada 18 )
Deste: Bilinmiyor
Anahtar Kart: Bilinmiyor
Yusei'nin arkadaşı. Bazı, çok özel yeteneklere sahip bir kız ve bu yetenekleri düello sırasında aşırı şekilde ortaya çıkıyor. Bu yeteneklerinden hep tedirgin durumda, Yusei'le tanışınca, değişmeye başlıyor.
Adları(J) : Rua(Sol-Erkek) Ruka(Sağ-Kız)
D-Wheel: Bilinmiyor
Yaşları: Kesin değil (11-12 civarı)
Desteleri: Bilinmiyor
Anahtar Kartları: Bilinmiyor
İki ikiz kardeş, Rua ve Ruka. Rua, aynen Jaden gibi mutlu, sakin ve her zaman iyi durumda olan, yaşam dolu bir karakter. Ruka ise, sakin, az konuşan ve içine kapalı bir karakter. İkiside birbirlerinden pek ayrılmıyorlar ve Yusei ile birlikte zaman geçirmeyi çok seviyorlar